Havsmiljöinstitutets rådgivande organ ska svara för institutets strategiska inriktning. Lärosätena som ingår i samarbetet har en ledamot var i rådet. Därutöver är Kustbevakningen, Sveriges lantbruksuniversitet , Havs- och vattenmyndigheten, Sveriges meteorologiska och hydrologiska institut samt Sveriges geologiska undersökning representerade med vardera en ledamot, samt vattenmyndigheterna med en ledamot. Berörda myndigheter har nominerat ledamöter att ingå i det rådgivande organet, där Göran Bengtsson, förre överdirektören för Länsstyrelsen i Västra Götaland, är ordförande under mandatperiod 2012-2015.
Göran Bengtsson, ordförande
Magnus Appelberg, SLU
Ingemar Berglund, Havs- och vattenmyndigheten
Anders Biel, Göteborgs universitet
Iréne Lake, SMHI
Dea Carlsson, Länsstyrelserna/Vattenmyndigheterna
Jonas Ebbesson, Stockholms universitet
Anders Litzén Kustbevakningen
Jarone Pinhassi, Linnéuniversitetet
Åsa Rasmuson Lestander, Umeå universitet
Lovisa Zillén Snowball, SGU
Följande ärenden ska alltid behandlas i det rådgivande organet före beslut:
Det rådgivande organet ska sammanträda minst fyra gånger årligen. Institutets föreståndare är huvudföredragande och svarar för sekretariatsresurser.